Dr Lecter powraca z nową tożsamością i z tą samą niezaspokojoną żądzą zabijania. W tym sezonie role się odwracają: Lecter ukrywa się przed wymiarem sprawiedliwości, a Will Graham ściga nieuchwytnego psychiatrę. Po dramatycznych wydarzeniach finału drugiego sezonu, Hannibal ucieka do Europy i pod zmienionym nazwiskiem rozpoczyna nowe życie. Wraz ze swoją terapeutką dr Bedelią Du Maurier zatrzymuje się we Florencji i tam zatrudnia się w muzeum Palazzo Capponi. Tymczasem Will, powoli odzyskuje zdrowie. Mężczyzna udaje się w pościg za swoim niedoszłym zabójcą i trafia do miejsc związanych z dzieciństwem Lectera. Detektyw coraz głębiej wnika w mroczną stronę psychiki doktora. W drugiej połowie trzeciego sezonu widzowie poznają seryjnego mordercę, Francisa Dolarhyde'a. W postać nowego przeciwnika błyskotliwego agenta wcieli się Richard Armitage - gwiazda filmowej trylogii Hobbita.W desperackiej próbie zabicia Francisa Dolarhyde'a, Will Graham tworzy przebiegły plan wykorzystania Hannibala Lectera. Bedelia Du Maurier wyraża swoje obawy, że czyny Willa mogą sprawić, że znajdzie się on w niebezpieczeństwie.